「白色恐怖」對解嚴後出生的人而言，是歷史課本上的專有名詞，但對親身經歷的人來說，是生命中無法抹除的傷疤。從逮捕、偵訊到審判，白色恐怖時期的政治案件滿布上級長官介入判決的痕跡，READr 分析了 促進轉型正義委員會 所建置的轉型正義資料庫，發現其收錄的 10710 筆政治案件中，共有 10% 的刑度遭到更動，其中七成的刑度都被加重。
進一步剖析這些案件，加重到死刑的人數最多，比例超過 3 成，主要原因則是 意圖以非法之方法顛覆政府而著手實行。臺北教育大學臺灣文化研究所助理教授蘇瑞鏘表示，白色恐怖最可怕的地方，是「只有政府有權力解讀什麼行為構成叛亂」，所以老百姓做的任何行為，都可以被認定為有罪。
例如 1953 年爆發的綠島獄中再叛亂案，獄方發現政治受難者在獄中抄寫、傳遞違禁紙條，軍政高層解讀為組織串連行為，數十人被起訴調查，最後政府以意圖顛覆政府並付諸行動 為理由，判處其中的 14 人死刑。
加重至有期徒刑 10 年以上的人數也超過 200 人，政治受難者劉秀明 1968 年因創辦「中國一事業基金會」被起訴，最後軍事法庭以參加叛亂組織為由判刑 10 年，其他同案則被判 15 年。劉秀明表示，當年因不服判決結果要求上訴，結果剛好發生蔣經國赴美訪問遇刺事件，所有政治案件一律嚴辦，他的刑度加重為 15 年，其他人則變成無期徒刑。
促轉會副主委葉虹靈指出，這些剝奪民眾人身安全的國家暴力一切合法，因此軍審決策者可以宣稱自己是依法行政。轉型正義接下來最重要的任務，就是定調威權政府的哪些行為違反法治國家賦予民眾的基本保障；如果未來政府聲稱民眾涉嫌叛亂，以「國家安全」名義要求速審速決時，法律要保障民眾人權，而不是像戒嚴時期，縱容政府濫用司法權力。